गुणोत्तर विश्लेषण की तीन मर्यादाएँ निम्न है :

(i) वित्तीय पत्रकों पर आधारित : गुणोत्तर विश्लेषण यह वित्तीय पत्रकों की जानकारी पर आधारित विश्लेषण है । अगर वित्तीय पत्रक सही और योग्य जानकारी प्रस्तुत नहीं करते तो विश्लेषण सही स्थिति नहीं बताता ।

(ii) आधारभूत गुणोत्तरों की कमी : किसी भी गुणोत्तर की उपयोगिता तभी प्राप्त होगी जब संबंधित गणोत्तर की उसके प्रमाणित गुणोत्तर के साथ तुलना की जाये । गुणोत्तर स्वयं कोई भी विश्लेषण या अर्थघटन नहीं दर्शाते । यदि प्रमाणित गुणोत्तर तय न किया गया हो, तो गिने गये गुणोत्तर बिन-उपयोगी सिद्ध होते है । इसलिये आधारभूत गुणोत्तरों की कमी गुणोत्तर विश्लेषण की बिनउपयोगिता को दर्शाता है ।

(iii) भाव में परिवर्तन की असर : गुणोत्तर विश्लेषण वित्तीय पत्रक पर आधारित है । सभी वित्तीय पत्रकों को ऐतिहासिक जानकारी के आधार पर तैयार किया जाता है । इस ऐतिहासिक जानकारी में मुद्रास्थिति के प्रभाव को ध्यान में नहीं लिया जाता है । इसलिये गुणोत्तर विश्लेषण में भी भाव में परिवर्तन की असर को ध्यान में नहीं लिया जाता, यह भी इसकी एक मर्यादा है ।